Il differenza fondamentale tra micronucleo e macronucleo è quello il micronucleo è il nucleo più piccolo che contiene il genoma germinale dei protozoi ciliati mentre il macronucleo è il nucleo più grande, contenente il genoma somatico dei protozoi ciliati.
Il dimorfismo nucleare è il fenomeno di avere due diversi tipi di nuclei all'interno della stessa cellula. È una caratteristica speciale presente nei ciliati protozoi e in alcuni foraminiferi. Questi due nuclei sono il macronucleo e il micronucleo. Contengono genomi separati. Il macronucleo è quello più grande che controlla il metabolismo del protozoo ciliato mentre il micronucleo è quello più piccolo che svolge funzioni riproduttive e genera il macronucleo.