La differenza fondamentale tra UPGMA e il prossimo albero di unione è il tipo di albero filogenetico risultante da ciascun metodo. UPGMA è la tecnica per costruire un albero filogenetico radicato mentre il prossimo che unisce l'albero è la tecnica per costruire un albero filogenetico senza radici.
Gli alberi filogenetici sono diagrammi simili ad alberi che mostrano le relazioni evolutive tra gli organismi. Un albero filogenetico può avere topologie differenti a seconda della tecnica utilizzata per la costruzione dell'albero. UPGMA e il prossimo albero di unione sono due metodi principali che costruiscono alberi filogenetici.
