Il differenza fondamentale tra gruppo funzionale e sostituente è quello il gruppo funzionale è una parte attiva di una molecola mentre il sostituente è una specie chimica che può sostituire un atomo o un gruppo di atomi in una molecola.
I termini gruppo funzionale e sostituente si trovano spesso nella chimica organica. Un gruppo funzionale è un tipo specifico di sostituente che causa l'attività di una molecola. Ciò significa che le reazioni che una certa molecola subisce sono determinate dal gruppo funzionale. Tuttavia, un sostituente può essere una specie chimica attiva o una specie chimica inattiva.