Il differenza fondamentale tra Apicomplexia e Ciliophora è quello Apicomplexia è un subphylum di protozoi e include organismi con un complesso apicale, mentre Ciliophora è un altro subphylum di protozoi che include organismi con cilia.
I protozoi sono uno dei due principali gruppi appartenenti al regno protista. L'altro gruppo sono le alghe. I protozoi sono animali unicellulari come gli organismi eucarioti. Appartengono a quattro classi: Sarcodina (amebe), Ciliophora (ciliati), Zoomastigophora (flagellati) e Apicomplexa. L'apicomplexia possiede una struttura nota come complesso apicale, mentre i membri di Ciliophora hanno migliaia di ciglia sulla superficie dell'organismo.
