Il differenza fondamentale tra la proteina regolatrice e quella repressiva è che la proteina regolatrice può promuovere o inibire la trascrizione dei geni. Nel frattempo, la proteina repressiva inibisce l'espressione di uno o più geni.
Prima di approfondire la discussione sulla differenza tra proteina regolatrice e repressiva, discutiamo brevemente della regolazione genica. Il gene è una sequenza nucleotidica specifica in cui l'informazione genetica è nascosta per sintetizzare una proteina. L'espressione genica può essere regolata in diversi modi. Attraverso diversi meccanismi, le cellule controllano l'espressione dei geni e i loro livelli di espressione. Generalmente, la regolazione genica avviene a livello di trascrizione. La proteina regolatrice e la proteina repressiva sono due tipi di proteine coinvolte nella regolazione genica a livello di trascrizione. Queste proteine regolatrici e proteine repressive si legano a una sequenza specifica vicino al gene e influenzano la trascrizione del gene.