Il differenza fondamentale tra la banda cromosomica e la pittura cromosomica è che la banda cromosomica è una tecnica di colorazione che mostra regioni dei cromosomi in bande scure e chiare distinguibili, ma la pittura cromosomica è una tecnica di ibridazione in cui specifiche regioni o segmenti di cromosomi sono dipinti con sequenza specifica sonde con etichetta fluorescente.
In citogenetica, è necessario produrre un cariotipo visibile di un organismo per identificare i cromosomi e le loro aberrazioni. Le bande cromosomiche e la pittura cromosomica sono due tecniche citogenetiche che aiutano nella visualizzazione dei cromosomi. Entrambe le tecniche sono utili per identificare le malattie genetiche.