La differenza fondamentale tra l'ATPasi di tipo V e di tipo F è che l'ATPasi di tipo V funziona come una pompa ionica azionata da ATP mentre l'ATPasi di tipo F funziona come sintasi di ATP nelle cellule.
ATPasi è un termine che si riferisce agli enzimi che sono in grado di idrolizzare l'ATP. Generalmente, le ATPasi decompongono l'ATP e l'energia rilasciata durante la reazione viene utilizzata per funzionare poiché l'ATP è la valuta energetica che fornisce energia per tutti i processi cellulari. La ripartizione dell'ATP richiede ATPasi. Pertanto, le ATPasi abbassano l'energia di attivazione dell'idrolisi dell'ATP. Esistono quattro tipi principali di ATPasi come F-ATPasi, V-ATPasi, A-ATPasi e P-ATPasi. Le ATPasi di tipo V si trovano principalmente nei vacuoli delle cellule eucariotiche. Al contrario, le ATPasi di tipo F si trovano nelle membrane plasmatiche batteriche, nella membrana interna dei mitocondri e nei cloroplasti. Catalizzano l'idrolisi o la sintesi dell'accoppiamento di ATP con il trasporto di H + (o Na +) attraverso una membrana.