Il differenza fondamentale tra sintenia e collinearità è quello la sintenia è la co-localizzazione fisica di loci genetici sullo stesso cromosoma nelle specie, mentre la collinearità è la co-localizzazione fisica di loci genetici sullo stesso cromosoma in specie diverse che conservano lo stesso ordine.
Sintesi e collinearità sono due termini utilizzati in modo intercambiabile in genomica. Entrambi i termini descrivono i modelli di localizzazione genica sui cromosomi in specie diverse. Questi accordi genetici correlati tra i taxa sono informazioni preziose quando si deduce l'ascendenza condivisa dei geni. Synteny si riferisce alla co-localizzazione fisica di loci genetici sullo stesso cromosoma nelle specie. La collinearità si riferisce alla co-localizzazione fisica di loci genetici sullo stesso cromosoma in specie diverse che conservano lo stesso ordine. Pertanto, è una forma di sintenia.
