Il differenza fondamentale tra mutageno e teratogeno è quello il mutageno è una sostanza o un agente che provoca un cambiamento nella sequenza del DNA di un individuo mentre un teratogeno è un agente che provoca danni al feto o allo sviluppo dell'embrione durante la gravidanza.
Mutageni e teratogeni sono solitamente agenti chimici. Tuttavia, agenti fisici e biologici possono anche agire come mutageni o teratogeni. Entrambi questi possono portare a effetti molto dannosi o letali negli individui. Tuttavia, il miglioramento della biotecnologia ha fornito nuove intuizioni a entrambi i concetti di mutageni e teratogeni.