La differenza chiave tra CDS e cDNA è quella CDS o sequenza codificante è la parte di un trascritto che viene effettivamente tradotta in proteina mentre la sequenza di cDNA è una sequenza di DNA derivata dall'mRNA mediante trascrizione inversa.
Un gene è una sequenza nucleotidica che codifica per una proteina. Consiste di diverse regioni come regione del promotore, sito di inizio della trascrizione, esoni, codone di inizio, introni e codone di arresto. Pertanto, un gene ha sequenze sia codificanti che non codificanti. Le sequenze di codifica o CDS si riferiscono agli esoni e ai due codoni, che sono codone iniziale e codone di arresto. È la sequenza che viene effettivamente tradotta in una proteina. Al contrario, il cDNA è una sequenza di DNA derivata dall'mRNA mediante trascrizione inversa.
