La differenza chiave tra zooidogamia e sifonogamia è quella zooidogamia è una condizione in cui i gameti maschili nuotano nell'acqua per raggiungere i loro gameti femminili mentre la sifonogamia è una condizione in cui vengono sviluppati tubi pollinici per trasportare i gameti maschili ai gameti femminili.
La riproduzione sessuale avviene in modi diversi tra i diversi gruppi di piante. Per completare la fecondazione, i gameti maschili dovrebbero raggiungere i gameti femminili. La zooidogamia e la sifonogamia sono due modi che spiegano come i gameti maschili viaggiano verso i gameti femminili. Nella zooidogamia, i gameti maschili nuotano verso i gameti femminili mentre nella sifonogamia, i gameti maschili viaggiano attraverso un tubo pollinico verso i gameti femminili. Ad esempio, alghe, briofite, pteridofite e alcune gimnosperme mostrano zooidogamia mentre le piante da seme mostrano sifonogamia.
