La differenza fondamentale tra polimorfismo transitorio ed equilibrato si basa su come si comportano gli alleli. Il polimorfismo transitorio è la sostituzione progressiva di un allele di un gene con un altro allele mentre il polimorfismo bilanciato è il mantenimento di entrambi i due diversi alleli di un gene nel tempo
Il polimorfismo genetico è una o due o più varianti di un particolare DNA. Il polimorfismo transitorio ed equilibrato sono due tipi di polimorfismo che sorgono a causa di due alleli alternati di un gene. Nel polimorfismo transitorio, dai due alleli alternati di un dato locus, un allele viene progressivamente sostituito da un altro. Nel polimorfismo bilanciato, i due alleli sono in equilibrio tra loro. Entrambe le versioni del gene vengono mantenute nella popolazione.
