Il differenza fondamentale tra euglenoidi ed Euglena è quello euglenoidi sono un ampio gruppo di organismi unicellulari appartenenti al regno Protista mentre Euglena è il genere rappresentativo più ampiamente studiato di euglenoidi.
Gli euglenoidi sono organismi unicellulari per lo più autotrofi. Appartengono al regno Protista e mostrano caratteristiche sia vegetali che animali. Come le piante, fotosintetizzano. Come gli animali, si muovono e cambiano forma. Inoltre, hanno due flagelli; quindi sono organismi flagellati. Vivono principalmente in acqua dolce, soprattutto acqua ricca di materia organica. Possono anche vivere in acqua marina. Esistono 54 generi di euglenoidi tra cui Trypanosoma, Euglena ed Eutreptia.