La differenza fondamentale tra i trasposoni compositi e non compositi è che i trasposoni compositi hanno due sequenze di inserimento fiancheggianti mentre i trasposoni non compositi hanno ripetizioni invertite invece di sequenze di inserimento fiancheggianti.
Un trasposone è un frammento di DNA che può traslocare all'interno del genoma batterico. Sono sequenze di DNA mobili. Si spostano in nuove posizioni del genoma. Questi movimenti apportano cambiamenti nella sequenza del genoma batterico, provocando cambiamenti significativi nelle informazioni genetiche. Sono gli elementi genetici trasponibili responsabili della creazione di nuove sequenze genetiche nei batteri. I trasposoni sono anche indicati come geni saltanti perché queste sequenze saltellanti possono bloccare la trascrizione dei geni e riorganizzare il materiale genetico del batterio. Inoltre, sono responsabili del movimento della resistenza ai farmaci, geni della resistenza agli antibiotici tra plasmidi e cromosomi. Esistono due tipi di trasposoni come trasposoni compositi e non compositi.