Il differenza fondamentale tra le strutture iso e neo è quello il prefisso iso si riferisce a un composto organico contenente tutti gli atomi di carbonio tranne uno che forma una catena continua mentre il prefisso neo si riferisce a un composto organico contenente tutti gli atomi di carbonio tranne due che formano una catena continua.
Usiamo prefissi in chimica organica per distinguere una molecola organica da un'altra. Usiamo questi prefissi insieme al nome del composto. Poiché questi prefissi sono specifici per diversi gruppi funzionali nelle molecole organiche, possiamo facilmente identificare le molecole organiche anche se hanno strutture chimiche strettamente correlate.