La differenza chiave tra il genoma procariotico ed eucariotico è che il genoma procariotico è presente nel citoplasma mentre il genoma eucariotico confina all'interno del nucleo.
Il genoma si riferisce all'intera collezione di DNA di un organismo. In altre parole, il genoma è il materiale genetico di un organismo che contiene l'informazione genetica totale. La maggior parte dell'organismo ha un genoma costituito dal DNA. Tuttavia, alcuni genomi sono basati sull'RNA. Ad esempio, alcuni virus hanno genomi a RNA. Quando si considera il materiale genetico totale di un organismo, non include solo i geni o le sequenze codificanti. Include sia i geni che le sequenze non codificanti del DNA.
Poiché l'informazione genetica si trova all'interno del genoma sotto forma di geni, i geni subiscono la trascrizione e la traduzione per produrre proteine. C'è una differenza tra i processi di espressione del genoma procariotico ed eucariotico. Inoltre, anche la conservazione e la replicazione di entrambi i genomi sono diverse tra i procarioti e gli eucarioti. Ma la struttura del DNA rimane la stessa (doppia elica) in entrambi gli organismi. La principale differenza tra genoma procariotico ed eucariotico va con l'organizzazione cellulare degli organismi e dove risiede il genoma.