Il differenza fondamentale tra colonizzazione e infezione è quello la colonizzazione è il processo di insediamento del microbo nei tessuti del corpo mentre l'infezione è il processo di invasione dei tessuti del corpo da parte del microbo per causare i sintomi della malattia.
La patogenicità dei microbi è un processo biochimico e strutturale completo che è definito dal meccanismo completo in cui il microrganismo causa la malattia. Ad esempio, la patogenicità dei batteri può essere associata a diversi componenti della cellula batterica come capsule, fimbrie, lipopolisaccaridi (LPS) e altri componenti della parete cellulare. Possiamo anche associarlo alla secrezione attiva di sostanze che danneggiano i tessuti dell'ospite o proteggono i batteri dalle difese dell'ospite. Colonizzazione e infezione sono due termini della patogenicità microbica. Il primo stadio della patogenicità microbica è la colonizzazione. È noto come il corretto insediamento del patogeno nei tessuti dell'ospite. Al contrario, l'infezione è l'invasione dei tessuti del corpo da parte dell'agente patogeno per causare la malattia.