Il differenza fondamentale tra autotrofi ed eterotrofi è quello gli autotrofi sono gli organismi che ottengono carbonio da fonti di carbonio inorganiche come l'anidride carbonica mentre gli eterotrofi sono gli organismi che ottengono carbonio dalle fonti di carbonio organico.
Un organismo vivente può utilizzare solo due fonti di energia per sintetizzare i propri fabbisogni organici. Si tratta di energia luminosa ed energia chimica in base al fatto che esistono due principali gruppi di organismi, vale a dire fototrofi e chemiotrofi. I fototrofi usano l'energia della luce come fonte di energia mentre i chemotrofi usano l'energia chimica come fonte di energia. I fototrofi sono gli organismi che svolgono la fotosintesi. Gli organismi possono anche essere autotrofi o eterotrofi a seconda che la loro fonte di carbonio sia organica o inorganica. Gli autotrofi utilizzano il carbonio inorganico (anidride carbonica) come fonte di carbonio mentre gli eterotrofi utilizzano il carbonio organico come fonte di carbonio.
