La differenza fondamentale tra metagenomica e metatranscriptomica si basa sul tipo di biomolecole studiate in ciascuna area. La metagenomica studia il DNA, le sue sequenze e il suo comportamento negli organismi, mentre la metatranscriptomica studia il DNA trascritto, principalmente le sequenze di mRNA e il suo comportamento negli organismi.
La metagenomica e la metatranscriptomica sono due campi che hanno guadagnato molta popolarità nel corso degli anni in relazione alla comunità microbica. Sono importanti nell'assistenza sanitaria, nell'industria e nella biotecnologia agricola. Sia la metagenomica che la metatranscriptomica consentono lo studio dei singoli organismi in una comunità e dei loro ruoli funzionali che sono benefici o dannosi.
