La differenza fondamentale tra fotobionte e micobionte è quella fotobionte si riferisce alla componente fotosintetica del lichene, che è un'alga verde o un cianobatterio, mentre il micobionte si riferisce alla componente fungina del lichene, che è principalmente un ascomiceta o un basidiomiceta.
Esistono diversi tipi di relazioni simbiotiche tra organismi viventi. Una relazione simbiotica è un'associazione in cui due diverse specie di organismi vivono insieme. Inoltre, il parassitismo, il mutualismo e il commensalismo sono tre tipi di relazioni simbiotiche. Il mutualismo è vantaggioso per entrambe le parti. Il lichene è una sorta di associazione mutualistica che esiste tra un'alga / cianobatterio e un fungo. In questa associazione, una parte è responsabile della produzione di cibo mediante la fotosintesi, mentre l'altra parte è responsabile dell'assorbimento dell'acqua e fornisce un riparo. Sulla base di ciò, l'alga / cianobatterio è noto come fotobionte che svolge la fotosintesi, mentre il fungo è noto come micobionte che fornisce riparo e assorbe l'acqua.