La differenza fondamentale tra QTL e GWAS si basa sul tipo di sequenze utilizzate nell'analisi. QTL utilizza loci genici di linkage per analizzare i tratti fenotipici associati all'eredità poligenica mentre GWAS utilizza sequenze dell'intero genoma per analizzare i polimorfismi a singolo nucleotide di una particolare condizione.
Le mappe QTL e GWAS svolgono un ruolo importante nelle analisi genetiche per diversi tratti. Inoltre, sono importanti per analizzare varie condizioni di malattia con eziologia sconosciuta. Inoltre, il sequenziamento gioca un ruolo chiave in entrambe le tecniche. Queste tecniche possono essere ulteriormente accoppiate con altre tecniche ad alto rendimento per una maggiore accuratezza e precisione.
