La differenza chiave tra metaboliti primari e secondari è che i metaboliti primari sono i prodotti finali del metabolismo che partecipano direttamente alla normale crescita, sviluppo e riproduzione di un organismo mentre i metaboliti secondari sono i metaboliti che non partecipano direttamente alla normale crescita, sviluppo e riproduzione di un organismo.
I metaboliti partecipano alla crescita degli organismi attraverso il processo del metabolismo. Il metabolismo è la somma di tutte le reazioni biochimiche che si verificano in un organismo. Esistono due principali categorie di metaboliti a seconda dell'origine e della funzione. Sono metaboliti primari e metaboliti secondari.
