Il differenza fondamentale tra cromatografia a coppia ionica e cromatografia a scambio ionico è che, nella cromatografia a coppia ionica, gli ioni nel campione possono essere "accoppiati" e separati come coppia ionica mentre, nella cromatografia a scambio ionico, gli ioni nel campione possono essere separati come cationi e anioni separatamente.
La cromatografia è una tecnica importante che porta alla separazione di diversi componenti in una miscela. La cromatografia a coppia ionica e a scambio ionico sono tecniche analitiche che possiamo utilizzare per separare ioni e molecole polari in una miscela, in base alla carica elettrica che portano con sé.