La differenza fondamentale tra i pori e le acquaporine è che i pori sono pori pieni d'acqua e canali che si trovano nelle membrane dei batteri e degli eucarioti. Nel frattempo, le acquaporine sono proteine di membrana che formano canali selettivi per l'acqua nelle cellule viventi.
Diverse molecole entrano ed escono dalla cellula attraverso la membrana plasmatica negli organismi viventi. Pertanto, ci sono diverse proteine di membrana nella membrana plasmatica per mantenere e regolare le molecole che entrano ed escono dalle cellule. I porini e le acquaporine sono due di questi tipi di proteine di membrana. Di questi, i pori sono pori riempiti d'acqua che facilitano il trasporto di molecole idrofile attraverso la membrana. Nel frattempo, le acquaporine sono canali selettivi dell'acqua che consentono specificamente all'acqua di passare liberamente attraverso la membrana.