La differenza fondamentale tra proteomica e metabolomica è che la proteomica è lo studio di tutte le proteine di un organismo mentre la metabolomica è lo studio di tutti i metaboliti di un organismo.
La genomica è lo studio della composizione genetica di un organismo. La proteomica e la metabolomica sono due scienze omiche legate alla genomica. Il proteoma si riferisce a tutte le proteine in una cellula o in un organismo. Il metaboloma, d'altra parte, si riferisce a tutti i metaboliti di un organismo. Quindi, lo studio del proteoma è la proteomica mentre lo studio del metaboloma è la metabolomica. Sia la proteomica che la metabolomica sono importanti nella diagnostica delle malattie e nella caratterizzazione e screening degli organismi. Inoltre, entrambi sono collegati in molti aspetti della biologia cellulare, in particolare nella segnalazione cellulare, nella degradazione e nella generazione delle proteine e nella modifica post-traduzionale.
