La differenza fondamentale tra l'accoppiamento di basi di Watson e Crick e Hoogsteen è che l'accoppiamento di basi di Watson e Crick è il modo standard che descrive la formazione di coppie di basi tra purine e pirimidine. Nel frattempo, l'accoppiamento di basi di Hoogsteen è un modo alternativo di formare coppie di basi in cui la purina assume una conformazione diversa rispetto alla pirimidina.
Un nucleotide ha tre componenti: una base azotata, uno zucchero pentoso e un gruppo fosfato. Ci sono cinque diverse basi azotate e due zuccheri pentosi coinvolti nella struttura del DNA e dell'RNA. Quando questi nucleotidi formano una sequenza nucleotidica, basi complementari, purine o pirimidine, formano legami idrogeno tra di loro. Questo è noto come accoppiamento di base. Pertanto, una coppia di basi si forma unendo due basi azotate mediante legami idrogeno. L'accoppiamento di basi di Watson e Crick è l'approccio classico o standard, mentre l'accoppiamento di basi di Hoogsteen è un modo alternativo di formare coppie di basi.
