Il differenza fondamentale tra centromero e cromomero è quello il centromero è una regione ristretta che unisce i cromatidi fratelli insieme in un cromosoma mentre il cromomero è una struttura a forma di perlina disposta linearmente presente lungo la lunghezza del cromosoma.
Un cromosoma è una struttura filiforme composta da acidi nucleici e proteine. Contengono le informazioni genetiche di un organismo. Ci sono diverse regioni distinte in un cromosoma, inclusi cromatidi, centromero, cromomero e telomero. Il centromero è il punto visibile di costrizione nel cromosoma. Unisce i cromatidi fratelli ed è importante durante la divisione cellulare. Al contrario, i cromomeri sono cromatina strettamente arrotolata presente lungo la lunghezza del cromosoma. Appaiono come perline su una corda. Trasportano geni durante l'eredità.