Il differenza fondamentale tra flussionalità e tautomeria è quello flussionalità si riferisce allo scambio di alcuni o tutti gli atomi in una molecola mentre il tautomeria si riferisce allo scambio di protoni tra le molecole.
Entrambi i termini flussionalità e tautomeria si riferiscono allo scambio di atomi tra posizioni diverse come posizioni assiali ed equatoriali. Se queste diverse posizioni si trovano sulla stessa molecola, allora è la flussionalità. Ma se l'atomo che viene scambiato è un atomo di idrogeno (un protone) e le posizioni sono in due molecole diverse, allora si parla di tautomeria.
