La differenza chiave tra prototropia e tautomeria è quella la prototropia discute due forme di una molecola che differiscono l'una dall'altra solo nella posizione di un particolare protone mentre la tautomeria discute l'interconversione di due isomeri strutturali tramite trasferimento di atomi o legami.
La prototropia è una forma di tautomeria; è la forma più comune di tautomeria. Il tautomerismo è un concetto di chimica organica che descrive la conversione di un isomero strutturale in un altro isomero tramite il trasferimento di atomi o legami. Se il trasferimento avviene in un protone nella molecola, allora lo chiamiamo prototropia. Pertanto, questo tipo di tautomeria è noto come tautomeria prototropica.
