La differenza chiave tra il flusso di energia e il ciclo della materia è che il flusso di energia mostra la trasmissione di energia da un livello trofico al successivo livello trofico nelle catene alimentari mentre il ciclo della materia mostra il flusso o il ciclo di elementi attraverso le parti viventi e non viventi degli ecosistemi.
L'energia scorre in un ecosistema attraverso le catene alimentari. Allo stesso modo, gli elementi attraversano diverse parti della Terra. Il sole è la fonte di energia della maggior parte degli ecosistemi. I produttori primari fissano l'energia della luce solare in carboidrati. I consumatori, soprattutto gli erbivori, consumano il cibo prodotto dai produttori. Quindi i carnivori e gli onnivori dipendono dagli erbivori. Allo stesso modo, l'energia scorre attraverso diversi livelli trofici. Allo stesso tempo, la materia ricicla attraverso processi diversi. In effetti, sia l'energia che la materia si spostano da un organismo all'altro nelle catene alimentari.
