La differenza fondamentale tra la specificità del substrato e la specificità del legame è quella la specificità del substrato è la capacità di un enzima di scegliere il substrato esatto con cui può legarsi da un gruppo di composti simili mentre la specificità del legame è la capacità di un enzima di scegliere substrati con legami simili e strutture simili.
I termini specificità del substrato e specificità del legame rientrano nel campo della biochimica, per quanto riguarda l'attività degli enzimi. Possiamo definire un enzima come un catalizzatore biologico. Ciò significa che gli enzimi sono composti che possono aumentare la velocità delle funzioni biologiche che si svolgono nelle cellule, ma non vengono consumati durante la funzione. Il termine specificità si riferisce al modo in cui un particolare enzima si lega a un particolare substrato.