Il differenza fondamentale tra NMR e cristallografia a raggi X è quello NMR è una tecnica analitica utilizzata per determinare il tipo e il numero di atomi in una molecola organica mentre la cristallografia a raggi X è una tecnica analitica utilizzata per determinare la struttura atomica e molecolare di un cristallo.
Il termine NMR sta per risonanza magnetica nucleare. Questo termine rientra nella spettroscopia subtopica nella chimica analitica. La cristallografia a raggi X, d'altra parte, è un tipo di tecnica cristallografica in cui utilizziamo un raggio di raggi X per l'analisi dei cristalli.