Il differenza fondamentale tra stabilizzazione e bilanciamento della selezione è quello stabilizzazione della selezione è un tipo di selezione naturale che favorisce i fenotipi medi in una popolazione mentre il bilanciamento della selezione è il mantenimento di più alleli di un gene all'interno di una popolazione al fine di migliorare la diversità genetica.
La selezione stabilizzante è un tipo di selezione naturale che si applica a un tratto fenotipico. Favorisce i fenotipi medi in una popolazione. Pertanto, elimina entrambi i tipi di fenotipi estremi. Alla fine crea una popolazione uniforme. Il bilanciamento della selezione è costituito da diversi processi selettivi che mantengono una diversità genetica vantaggiosa all'interno di una popolazione mantenendo più alleli di un gene. Pertanto, si applica a un locus genico.