La differenza fondamentale tra protostomi e deuterostomi è che nei protostomi il blastopore diventa la bocca mentre nei deuterostomi diventa l'ano. Un'altra importante differenza è che gli embrioni dei protostomi subiscono la scissione a spirale mentre gli embrioni dei deuterostomi subiscono la scissione radiale.
Nella comprensione di questi due termini sarebbe importante prestare attenzione a come avviene lo sviluppo embrionale degli organismi. Sarebbe particolarmente importante considerare gli animali con un celoma, che è una cavità piena di liquido che si trova tra l'endoderma (intestino) e il mesoderma (principalmente strato muscolare); in altre parole, il celoma è il peritoneo nei mammiferi. Protostomi e deuterostomi sono i due principali tipi di animali celomatici e ci sono molte differenze tra loro. Differiscono principalmente nel modo in cui si formano la bocca e l'ano durante lo sviluppo embrionale.
