La differenza fondamentale tra motivo e dominio è che il motivo non è stabile in modo indipendente mentre il dominio è stabile in modo indipendente.
Le proteine sono importanti macromolecole biologiche presenti nel nostro corpo. D'altra parte, il codice genetico di un gene deciderà la sequenza amminoacidica di una proteina. Inoltre, le proteine hanno strutture primarie, secondarie e terziarie. La struttura primaria è la sequenza amminoacidica della catena polipeptidica. Quando le catene polipeptidiche si piegano tra loro, forma la struttura secondaria della proteina. Alle strutture secondarie appartengono eliche alfa, fogli beta e strutture super secondarie. Alcuni raggruppamenti di elementi super secondari sono noti come motivi proteici. La struttura terziaria di una proteina si riferisce alla sua struttura tridimensionale che decide la funzione della proteina. Il dominio è una sezione piegata di una molecola proteica, che è globulare e ha una funzione discreta. È la struttura funzionale e tridimensionale fondamentale della proteina.