La differenza fondamentale tra apomorfia e plesiomorfia è che l'apomorfia si riferisce a una caratteristica che è unica per un clade e si trova in tutti i discendenti di quel particolare clade mentre la plesiomorfia si riferisce a una caratteristica che è presente nel clade ma potrebbe non essere presente in tutti i membri del clade.
Nella filogenetica, la cladistica è l'area che classifica gli organismi in cladi o gruppi in base alle caratteristiche che ereditano dagli antenati. È una forma di studio molto affidabile che aiuta ad analizzare le relazioni evolutive e filogenetiche. Terminologie differenti possono essere usate per descrivere le caratteristiche di ogni clade come apomorfia, plesiomorfia, autapomorfia, sinapomorfia e omoplasia, ecc. Tra queste, apomorfia e plesiomorfia sono termini relativi. In questi studi, il software basato su computer è davvero utile per studiare le caratteristiche e le caratteristiche di Apomorphy e Plesiomorphy.
