La differenza fondamentale tra il fotosistema 1 e il fotosistema 2 è che il fotosistema 1 ha un centro di reazione che compone la clorofilla, una molecola di P700 che assorbe la luce a una lunghezza d'onda di 700 nm. D'altra parte, il fotosistema II ha un centro di reazione che comprende clorofilla, una molecola di P680 che assorbe la luce a una lunghezza d'onda di 680 nm.
I fotosistemi sono una raccolta di molecole di clorofilla, molecole di pigmenti accessori, proteine e piccoli composti organici. Esistono due fotosistemi principali; fotosistema I (PS I) e fotosistema II (PS II), presenti nelle membrane tilacoidi dei cloroplasti nelle piante. Entrambi eseguono la reazione leggera della fotosintesi. Di conseguenza, le piante hanno essenzialmente bisogno di entrambi questi fotosistemi. È perché gli elettroni di stripping dall'acqua richiedono più energia del fotosistema attivato dalla luce che posso fornire. Di conseguenza, il fotosistema II può assorbire la luce di lunghezza d'onda più corta (energia più elevata) e si collega in tandem a PS I, consentendo un flusso di elettroni non ciclico.
