La differenza fondamentale tra i ribozimi e gli enzimi proteici è che i ribozimi sono molecole di RNA che sono in grado di catalizzare alcune specifiche reazioni biochimiche mentre gli enzimi proteici sono molecole proteiche che sono in grado di catalizzare la maggior parte delle reazioni biochimiche che si verificano negli organismi viventi.
Gli enzimi sono catalizzatori biologici e accelerano la velocità delle reazioni biochimiche. In generale, tutti gli enzimi sono proteine costituite da amminoacidi. Quindi sono anche indicati come enzimi proteici. Tuttavia, esistono specifiche molecole di RNA che possono agire come catalizzatori di specifiche reazioni biochimiche. Sono i ribozimi o gli enzimi dell'acido ribonucleico. Pertanto, sia i ribozimi che gli enzimi proteici svolgono la stessa funzione che è il catalizzatore delle reazioni biochimiche.
