La differenza fondamentale tra il sequenziamento clone per clone e il sequenziamento fucile a pompa risiede nel metodo di condotta. Il metodo di sequenziamento clone per clone prevede la mappatura dei cromosomi e la clonazione prima del sequenziamento, mentre il sequenziamento del clone mediante fucile a pompa omette sia la mappatura cromosomica che le fasi di clonazione durante il sequenziamento.
Clone by clone sequencing e clone by shotgun sequencing sono due metodi di sequenziamento del genoma moderno. Il sequenziamento clone per clone è un metodo di sequenziamento più affidabile. Tuttavia, il metodo di clonazione mediante sequenziamento del fucile è più veloce ed economico. L'articolo si concentra sulla sottile differenza tra il clone per sequenziamento del clone e il sequenziamento del fucile.