Il differenza fondamentale tra ammoniaca e ammonio è quello l'ammoniaca è una molecola polare non caricata esistente come gas a temperatura ambiente, mentre gli ioni ammonio sono caricati ed esistono come ioni liberi in soluzione o come composti salini cristallizzati.
Ci sono poche immagini e persino certi odori che la nostra mente associa immediatamente all'ammoniaca o all'ammonio; questi includono quelli di fertilizzanti, rifiuti azotati, saponi e persino esplosivi. Inoltre, la maggior parte delle persone presume che non ci sia differenza tra ammoniaca e ammonio. L'elevata somiglianza tra questi due e l'uso della parola ammoniaca più frequentemente come termine generale sia per l'ammoniaca pura che per i composti di ammonio è ciò che provoca questa confusione.
