La differenza fondamentale tra i recettori AMPA e NMDA è che l'agonista specifico del recettore AMPA è l'acido alfa-ammino - 3 - idrossile - 5 - metil - 4 - isossazolo propionico (AMPA), mentre l'agonista specifico del recettore NMDA è N - metile - D - aspartato (NMDA).
Esistono tre tipi principali di recettori del glutammato. La loro differenza si basa sull'agonista che si lega per l'attivazione del recettore per il legame del glutammato. Il legame con il glutammato aprirà i canali ionizzati per il trasporto degli ioni sodio e potassio. Inoltre, i recettori NMDA facilitano anche il flusso di ioni calcio attraverso la membrana.
