Il differenza fondamentale tra il quadrato di Punnett e il pedigree è quello il quadrato di Punnett mostra tutti i possibili genotipi che possono essere ereditati da due genotipi parentali mentre il pedigree rappresenta la storia familiare di un particolare tratto, in particolare l'eredità di un gene.
Il quadrato di Punnett e il pedigree sono due tipi di strumenti che aiutano a determinare la probabilità di ereditarietà dei geni. Entrambi mostrano la probabilità di ereditare un particolare tratto dalla prole. In altre parole, entrambi prevedono modelli di eredità nelle linee familiari. Quindi, possono aiutare a determinare il rischio di una malattia ereditaria in un bambino. Il quadrato di Punnett è semplicemente un modo grafico per mostrare tutti i possibili genotipi che possono verificarsi nei bambini dei due genitori.