La differenza fondamentale tra l'autoincompatibilità gametofitica e sporofitica è quella nel sistema di autoincompatibilità gametofitica, il fenotipo del polline è determinato dal suo genotipo aploide gametofitico mentre nell'autoincompatibilità sporofitica, il fenotipo del polline è determinato dal genotipo diploide della pianta.
L'autoincompatibilità è un meccanismo di controllo dell'impollinazione nelle piante. Previene principalmente l'autoimpollinazione e impone l'impollinazione incrociata, il che è un vantaggio evolutivo. L'autoincompatibilità si verifica a seguito di interazioni chimiche negative tra polline e tessuto di stile all'interno dello stesso allele. Sebbene pollini e pistilli siano vitali e fertili, la germinazione del polline non avviene in queste piante. Quando la germinazione del polline non avviene, il tubo pollinico non può formarsi. Quindi i pollini non riescono a fornire gameti maschili a gameti femminili per la fecondazione. Di conseguenza, non possono produrre semi.
Esistono due principali sistemi di autoincompatibilità come l'autoincompatibilità gametofitica e l'autoincompatibilità sporofitica. Sono sistemi di autoincompatibilità a locus singolo basati su un singolo locus multi-allelico (S). Questo locus è costituito da un gene S che esprime il pistillo e un gene S che esprime il polline.
