Il differenza fondamentale tra substrato e sito attivo è quello il substrato è un composto chimico che può subire una reazione chimica mentre il sito attivo è una regione specifica su un enzima.
Gli enzimi sono catalizzatori biologici. Queste sono proteine che possono diminuire l'energia di attivazione di una reazione chimica al fine di ridurre la barriera energetica di quella reazione. Quindi, può aumentare la velocità di una reazione. Il reagente della reazione in cui sono coinvolti gli enzimi è il “substrato”. Questo substrato si lega al sito attivo dell'enzima. Le reazioni avvengono lì. Alla fine, rilascia i prodotti della reazione.