Il differenza fondamentale tra flagelli e ciglia è che i flagelli sono lunghi e presenti da uno a otto per cellula mentre le ciglia sono corte e presenti in centinaia per cellula.
Le ciglia e i flagelli sono minuscole strutture attaccate alle cellule eucariotiche e procariotiche. Sporgono dalla superficie delle loro cellule. Queste strutture aiutano nella locomozione degli organismi unicellulari. Di conseguenza, contengono principalmente proteine chiamate microtubuli o corpi basali. Nel caso di organismi eucarioti unicellulari, sia le ciglia che i flagelli sono vitali per la locomozione. D'altra parte, negli organismi multicellulari, ciglia e flagelli aiutano nel movimento di fluidi e altri materiali lungo i tubi del corpo mentre svolgono la funzione di muovere una cellula o un gruppo di cellule. Tuttavia, c'è qualche differenza tra flagelli e ciglia; in particolare, differiscono l'uno dall'altro per lunghezza, dimensione, aspetto e tipo di celle a cui sono attaccati.
