La differenza fondamentale tra Mollusca ed Echinodermata si basa sull'habitat degli organismi appartenenti a queste due classi. I molluschi vivono sia in ambienti terrestri che acquatici mentre gli echinodermi vivono rigorosamente in ambienti marini.
Phylum Mollusca e Phylum Echinodermata appartengono al Regno Animalia. Esiste un rapporto tra Molluschi ed Echinodermi in termini di caratteristiche morfologiche, fisiologiche e comportamentali. Tuttavia, sia i molluschi che gli echinodermi sono triploblastici e possiedono un sistema digestivo completo. Biologi e tassonomi studiano le caratteristiche degli organismi di ogni phylum al fine di classificare gli organismi in modo efficace.