La differenza fondamentale tra BLAST e FastA è che BLAST è uno strumento di allineamento di base disponibile sul sito web del National Center for Biotechnology Information mentre FastA è uno strumento di ricerca di similarità disponibile sul sito web dello European Bioinformatics Institute.
BLAST e FastA sono due software ampiamente utilizzati per confrontare sequenze biologiche di DNA, amminoacidi, proteine e nucleotidi di specie diverse e cercare le loro somiglianze. Questi algoritmi sono stati scritti tenendo presente la velocità. Perché, quando gli scienziati sono stati in grado di isolare il DNA in laboratorio a metà degli anni '80, ha sollevato la necessità di confrontare e trovare geni identici per ulteriori ricerche ad alta velocità. Quindi, questi due software sono stati sviluppati in modo che l'utente possa eseguire una ricerca rapida di sequenze simili con quella delle loro sequenze di query.
BLAST è l'acronimo di Basic Local Alignment Search Tool e utilizza l'approccio localizzato per confrontare le due sequenze. FastA è un software che si riferisce a Fast A dove A sta per All. Qui, il software funziona con alfabeti come Fast A per il sequenziamento del DNA e Fast P per le proteine. Sia BLAST che FastA sono molto veloci nel confrontare qualsiasi database genomico e sono, quindi, molto redditizi dal punto di vista monetario oltre che nel risparmio di tempo.
