La differenza fondamentale tra introni ed esoni è che gli introni sono sequenze non codificanti di un gene mentre gli esoni sono sequenze codificanti. Quindi, gli introni non compaiono nelle molecole di mRNA mature mentre gli esoni formano collettivamente la molecola di RNA finale.
Introni ed esoni sono termini usati frequentemente nel campo della biologia molecolare, ma quando qualcuno inizia a familiarizzare con questi termini, sorgerebbe confusione poiché entrambi sono sequenze nucleotidiche di geni.