La differenza fondamentale tra Ubichinoni e Citocromi è che gli Ubichinoni (CoQ) non sono proteine mentre i Citocromi sono proteine.
La catena di trasporto degli elettroni è la fase finale della respirazione aerobica. Pertanto, si verifica nella membrana interna dei mitocondri. Inoltre, è costituito da portatori di elettroni che facilitano la produzione di un gradiente protonico attraverso la membrana. Oltre al NAD e alle flavoproteine, gli Ubichinoni ei Citocromi sono due tipi di trasportatori di elettroni coinvolti nella catena di trasporto degli elettroni. Gli Ubichinoni sono molecole organiche idrofobiche liposolubili non proteiche mentre i citocromi sono proteine contenenti ferro.