Il differenza fondamentale tra auxotrofi e prototrofi è quello gli auxotrofi sono microrganismi mutanti che hanno perso la capacità di produrre un particolare composto organico richiesto per la loro crescita mentre i prototrofi sono microrganismi di tipo selvatico in grado di produrre tutti i composti organici richiesti.
I microrganismi mostrano diverse modalità di nutrizione. In particolare, i batteri hanno abilità diverse. Alcuni batteri sono in grado di fotosintetizzare e produrre il proprio cibo mentre alcuni batteri vivono in relazioni simbiotiche con il loro organismo ospite e ottengono nutrienti. Inoltre, alcuni batteri degradano la materia organica e acquisiscono sostanze nutritive. Auxotrofi e prototrofi sono due gruppi di microrganismi che differiscono in base alla loro capacità di produrre composti organici per la loro crescita. I prototrofi possono sintetizzare tutti i composti organici necessari per la loro crescita mentre gli autotrofi non sono in grado di produrre un particolare composto organico che è essenziale per la sua crescita a causa di una mutazione.
